Berdirinya Madrasah Aliyah Negeri 3 Langkat sejak tahun 2018, yang sebelumnya bernama MAN 1 Stabat tidaklah terjadi begitu saja tanpa melalui proses yang panjang.

Pada awalnya Madrasah Aliyah Negeri 3 Langkat ini adalah Madrasah Aliyah Swasta Persiapan Negeri (MASPN) yang didirikan oleh Drs. H. Maksum Abidin Shaleh pada tahun 1996, dan ia langsung menjadi kepala madrasah sekaligus yayasannya. Drs. H. Maksum AS adalah seorang sosok yang sangat besar perhatiannya terhadap pendidikan agama, karena itu ia mendirikan MASPN di kota Stabat sebagai upaya untuk mengembangkan ilmu-ilmu agama yang nantinya dapat menjadi bekal bagi anak-anak yang mengecap pendidikan di MASPN.

Disamping itu ia bercita-cita agar di Kota Stabat yang merupakan ibu kota kabupaten ada sekolah agama tingkat menengah yang negeri, karena di kota ini hanya ada sekolah umum yang negeri yakni SMU Negeri Stabat dan SMK Negeri Stabat, namun belum memiliki sekolah agama. Cita-cita tersebut sudah ada di hati dan pemikirannya sejak tahun 1985. Beliau berusaha untuk mewujudkan cita-citanya dengan mendirikan MASPN yang nantinya dimohonkan untuk di negerikan.

Akhirnya MASPN dinegerikan berdasarkan surat keputusan Menteri Agama Republik Indonesia nomor 558 tertanggal 21 bulan 12 tahun 2003. Dengan dikeluarkannya SK tersebut maka resmilah MASPN menjadi Madrsah Aliyah Negeri 1 Stabat, dan lokasi sekolah pun berpindah dengan dikeluarkannya SK Pinjam Pakai sebidang tanah milik PTPN II seluas 20.250 m2 oleh bapak Bupati Langkat H. Syamsul Arifin, SE pada tahun 2004   ( denah terlampir ).

Adapun kepemimpinan Kepala Madrasah sudah lima kali mengalami pergantian, yaitu :